Hōjō Yoshitoki được sinh ra vào năm 1163, là con trai thứ hai của Hōjō Tokimasa và vợ của ông Itō Nyūdō, con gái của Itō Sukechika. Khi ông được sinh ra thì ông đã có một người anh trai tên là Hōjō Munetoki và một người chị gái tên là Hōjō Masako. Khoảng thập kỷ (10 năm) sau khi ông ra đời, thì ông cũng có thêm một người em trai nữa tên là Hōjō Tokifusa và một người em gái không rõ tên là gì, cô em gái này không có ngày tháng năm sinh rõ ràng. Gia tộc Hōjō lúc bấy giờ đã kiểm soát được toàn bộ phiên Izu, với Yoshitoki là một thành viên của gia tộc Hōjō và cũng có mối quan hệ họ hàng xa với tộc Taira lẫn cả với Hoàng thất Nhật Bản.

Vào thời điểm bấy giờ sau chiến loạn Heiji, nhà Taira dưới sự lãnh đạo của Taira no Kiyomori chính thức nắm quyền cả đất nước và bắt đầu củng cố quyền lực của họ tại kinh đô Kyoto, nhà Taira đã ra hình phạt lưu đày đối với đối thủ cạnh tranh của họ là nhà Minamoto. Minamoto no Yoshitomo, người đứng đầu nhà Minamoto bị hành hình, trong khi những người con của ông (Yoshitomo) thì không bị hành hình mà chỉ bị lưu đày hoặc bị ép phải vào các tu viện để thuận tiện cho việc quản thúc. Cùng lúc đó thì Pháp hoàng Go-Shirakawa và với con trai của ông đang làm Thiên hoàng lúc bấy giờ chính là Thiên hoàng Nijō (một Thiên hoàng bù nhìn) cũng đang ở tại Kyoto. Minamoto no Yoritomo, người thừa kế hợp pháp của Yoshitomo bị lưu đày đến Izu, nơi mà gia tộc Hōjō đang nắm quyền kiểm soát. (Hai người em của Yoritomo là Minamoto no Yoshitsune và Minamoto no Noriyori thì bị quản thúc tại các tu viện gần Kyoto).

Ngay từ ngày đầu tiên thì Yoshitoki đã được kỳ vọng sẽ kế vị cha mình với tư cách là người đứng đầu gia tộc Hōjō ở Izu. Ông ấy có một mối quan hệ rất thân thiết với tất cả các anh chị em của mình, đặc biệt là với chị gái Masako.

Năm 1179, Masako đã yêu phải chàng trai trẻ nhà Minamoto đang bị lưu đày ở Izu là Minamoto no Yoritomo và thế là họ đã kết hôn với nhau. Cuộc hôn nhân của hai người họ hoàn toàn được sự ủng hộ bởi người thừa kế hợp pháp của nhà Hōjō là Yoshitoki. Năm 1180, Masako và Yoritomo có con gái đầu lòng được biết đến là Ō-Hime. Cùng năm đó, Thân vương Mochihito là con trai của Thiên hoàng Go-Shirakawa cực kỳ mệt mỏi và cũng rất bất mãn với sự lãnh đạo của nhà Taira, tin rằng chính ông (Mochihito) đã bị tước đoạt đi cơ hội kế thừa ngai vàng của mình để cho cháu họ của mình là Thiên hoàng Antoku đưa lên ngôi, bởi vì vị Thiên hoàng trẻ tuổi có một nửa dòng máu nhà Taira. Cho nên Thân vương Mochihito đã kêu gọi các lãnh đạo còn sót lại của nhà Minamoto trên toàn Nhật Bản tập hợp lại để có thể lật đổ được nhà Taira , vụ việc cũng đã châm ngòi cho chiến tranh Genpei nổ ra.

Yoshitomo chấp nhận lời kêu gọi và cùng với sự giúp đỡ lẫn hỗ trợ của Yoshitoki, Masako, Tokimasa và toàn bộ gia tộc Hōjō. Lẫn với sự tham gia của hai người em của Yoritomo là Yoritsune và Noriyori về phe Yoritomo. Yoritomo xây dựng căn cứ của mình ở phía đông Izu tại Kamakura, vị trí ở tỉnh Sagami. Thế là chiến tranh Genpei bắt đầu với Yoshitoki nhận lệnh từ cha của mình là phải giúp đỡ hết mình cho cậu em rể là Yoritomo này. Anh trai của Yoshitoki là Munetoki đã buộc phải bỏ mạng trong cuộc chiến này vào năm 1180. Sang năm sau là năm 1181, Taira no Kiyomori cũng đột ngột qua đời và được kế vị bởi con của ông (Kiyomori) là Taira no Munenori.

Năm 1182, Yoshitoki lúc này đã 19 tuổi được kết hôn vào giữa cuộc chiến còn đang diễn ra. Tuy không biết chính xác vợ ông là ai nhưng đều ta có thể biết được là vào năm 1183, Yoshitoki và vợ mình đã sinh ra đứa con đầu lòng lấy tên là Hōjō Yasutoki, người trở thành lãnh đạo của tộc Hōjō sau khi cha của mình qua đời. Một năm trước đó thì Yoritomo và Masako cũng có một người con trai, người được cho là người thừa kế chính thức của Yoritomo tên là Minamoto no Yoriie. Minamoto no Yoshinaka, một người họ hàng và cũng là đối thủ với Yoritomo, đã tiến quân vào Kyoto và buộc Heike (tên dòng chính của gia tộc Taira) phải tháo chạy khỏi kinh đô cùng với Thiên hoàng Antoku trẻ tuổi. Yoshinaka sau đó bị buộc rời khỏi Kyoto bởi Yoshitsune khi đang lấy danh nghĩa của Yoritomo. Sau cùng của cuộc chiến, nhà Minamoto giành thắng lợi và họ cũng nhanh chóng đưa Thân vương Takahira lên ngôi, lấy hiệu là Thiên hoàng Go-Toba